L’Agenzia delle entrate, con la Risposta all’interpello n. 102/2026, ha fornito chiarimenti determinanti in materia di cumulo tra il nuovo Patent box, disciplinato dall’art. 6 del D.L. n. 146/2021, e il credito d’imposta per attività di ricerca e sviluppo previsto dall’art. 3 del D.L. n. 145/2013 e dai commi da 198 a 209 dell’art. 1 della L. n. 160/2019. Il caso riguarda una PMI innovativa che ha già fruito del credito R&S per lo sviluppo di un software e intende ora accedere al meccanismo premiale del nuovo Patent box, che consente una maggiorazione del 110% dei costi agevolabili.
Poiché le due agevolazioni insistono sui medesimi costi, scatta l’obbligo di c.d. recapture, ovvero di restituzione del credito R&S già fruito nella parte corrispondente al beneficio Patent box, come già chiarito dalla circolare n. 5/E del 2023. La società istante ha sollevato tre distinti quesiti: le modalità concrete di restituzione, il momento in cui sorge l’obbligo di restituzione ai fini IRES, considerato che la variazione in diminuzione derivante dal Patent box genera una perdita fiscale riportabile ai sensi dell’art. 84 del Tuir, e infine se l’obbligo sussista anche ai fini IRAP, dove non è ammesso il riporto delle perdite.
Sul primo punto, l’Agenzia ha condiviso la soluzione prospettata dal contribuente: la restituzione va effettuata tramite modello F24, utilizzando lo stesso codice tributo e lo stesso anno di riferimento indicati in sede di fruizione in compensazione, inserendo l’importo tra gli “importi a debito versati” anziché tra i crediti compensati.
Sul secondo quesito, relativo ai tempi della restituzione, la risposta è stata particolarmente severa: l’obbligo sorge nel periodo d’imposta in cui viene applicato il meccanismo premiale del Patent box, ovvero, nel caso del software, nel periodo di registrazione presso il Pubblico Registro Software della SIAE. Di conseguenza, la restituzione del credito R&S deve avvenire entro il termine per il pagamento del saldo IRES 2025, fissato al 30 giugno 2026. L’Agenzia ha chiarito che a nulla rileva il fatto che la variazione in diminuzione generi una perdita fiscale che sarà utilizzabile solo in futuro, né che il beneficio Patent box venga quindi “monetizzato” solo negli esercizi successivi. La mera indicazione in dichiarazione della variazione in diminuzione è sufficiente a far scattare l’obbligo di restituzione, senza attendere l’effettiva compensazione della perdita con futuri redditi imponibili. Un approccio che penalizza duramente le imprese in perdita, come le startup innovative, che potrebbero riportare le perdite per molti anni senza mai concretamente fruire del beneficio fiscale, ma che ciononostante sono costrette a restituire immediatamente il credito R&S.
Sul terzo quesito, relativo all’IRAP, l’Agenzia ha confermato che l’obbligo di restituzione sussiste a prescindere dalla concreta fruizione della variazione in diminuzione. Per l’IRAP, infatti, la normativa non consente di generare un valore della produzione netta negativo da riportare negli esercizi successivi, a differenza di quanto previsto per l’IRES dall’art. 84 del Tuir. Tuttavia, questa impossibilità non esonera il contribuente dalla restituzione del credito R&S. Anche per la componente IRAP del Patent box, l’impresa deve procedere alla nettizzazione, restituendo il credito relativo alla parte di costo agevolato che ha beneficiato della maggiorazione del 110 per cento, indipendentemente dal fatto che la base imponibile IRAP sia capiente o meno. In sostanza, l’Agenzia ha adottato un’interpretazione formalistica e rigorosa: il cumulo tra Patent box e credito R&S determina l’obbligo di restituzione integrale e immediato del credito, senza alcuna sospensione in caso di perdite fiscali o di incapienza della base imponibile IRAP. La circostanza che l’agevolazione Patent box venga fruita solo in futuro (per l’IRES) o non venga mai fruita (per l’IRAP) non rileva ai fini del recapture. Questa posizione, se da un lato garantisce certezza ai rapporti tra fisco e contribuente, dall’altro rischia di vanificare il beneficio del Patent box per le imprese che hanno basi imponibili ridotte, costringendole a restituire un credito senza aver ancora concretamente beneficiato dell’agevolazione.
